Do biologického bazénu není třeba přidávat žádné chemické prostředky a nevyžadují žádné další investice. Vodu není třeba obměňovat. Jediným nákladem je tak celoroční provoz bazénových čerpadel. Proto používáme extrémně úsporná čerpadla ESPA s frekvenčním měničem. Konečná spotřeba závisí na velikosti bazénu. Oproti běžným bazénům závislým na bazénových dávkovacích zařízeních odpadá kromě spotřeby chemikálií také nutnost občasného servisu těchto zařízení. Náklady jsou tak srovnatelné nebo nižší než u bazénových technologií.

V čerpadlové šachtě je příprava na proplach biologického filtru. K připravenému potrubí stačí jednoduše připojit bazénovou hadici a jednoduchým otočením patřičných ventilů zahájit proplach. Spotřeba vody na proplach je asi 300 litrů, přičemž může být odpadní voda použita na zálivku zahrady.

V biologickém bazénu se řasy netvoří díky nedostatku živin potřebných pro jejich růst. Všechny živiny jsou spotřebovány bakteriemi v biologické filtrační zóně. Je však třeba pravidelně čistit stěny bazénu bazénovým vysavačem, aby se zabránilo usazování kluzkého povlaku na stěnách bazénu. Tento povlak je totiž biofilm, ze kterého by případné řasy mohly čerpat živiny pro svůj růst. Je to tedy jednoduché – biofilm potřebuje být přichycen na pevném podkladu, tudíž se ve volné vodě nenachází. Odstraníme-li ho ze stěn bazénu, nezůstane žádný prostor pro růst řas.

Při pravidelném využívání bazénového vysavače se vyhneme nutnosti dočišťování stěn bazénu kartáčem. Toto je ale také srovnatelné s provozem běžného bazénu. Na druhou stranu: když z nějakého důvodu bazén nevysajeme delší dobu (třeba když odjedeme na dovolenou), stačí pak stěny bazénu předčistit kartáčem, aby bazénový vysavač nepodkluzoval. Během chvíle pak dostaneme biologický bazén zpět do kondice a perfektního stavu.

U biobazénu bez rostlin je tedy péče podobně náročná jako péče o klasický bazén. U Biobazénu s rostlinnými zónami je péče náročnější (je třeba se o rostliny starat stejně jako o rostliny na zahradě). Proto je potřeba již před realizací dobře zvážit, co od biobazénu očekáváme.